Égyptologue, diplômé de l'Université de Tübingen, Marcus Müller a participé à plusieurs fouilles archéologiques en Égypte: Qantir-Piramesse, Aswan, Tell el-Dab'a, Thmuis (Timai al-Amdid), Kom Wasit. Il est depuis 2012 directeur de chantier dans le cadre du projet Athribis, depuis 2017 membre du conseil académique du Centre d'études hellénistiques d'Alexandrie et depuis 2018 codirecteur de la mission allemande de Saruq al-Hadid.